ChIP-Seq是将染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序相结合的表观遗传研究技术,能够高效地在全基因组范围内对DNA和蛋白的相互作用进行检测,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。
ChIP-seq Assay Kit for Histone Methylation(Laboratorytalk,2016)
1. 定制化分析策略:根据不同测序方案和测序目标,定制化选择比对算法、 Peak Calling算法以及注释用数据库区域信息;
2. 强大的自研能力:拥有已发表的自主开发 Peak Calling算法(Wang et al., BMC Bioinformatics, 2010)和定位注释系统以及一系列下游分析工具;
3. 全面的数据库整合:不断更新基因组数据库并进行多数据库多版本整合,获得准确的 Peak定位信息与注释;
4. 强大的组学联合分析能力:将 ChIP-Seq与甲基化测序、转录组测序以及全基因组测序等技术进行结合,将单一的蛋白结合数据更进一步拓展。
注:前期免疫共沉淀( ChIP)实验需客户自主完成,火狐体育app官网提供测序和数据分析服务。
ChIP DNA样品要求:
1. DNA总量≥20ng,浓度≥1ng/μL(Qubit检测),体积要求20-100μL;
2. OD260/280介于1.8-2.0之间;
3. Agilent 2200质检合格,DNA样本主峰范围在100-500bp;
4. 电泳检测无明显 RNA污染,基因组条带清晰、完整,无降解;
5. 送样时请标记清楚样品编号,管口使用 Parafilm膜密封;
6. 样品保存期间切忌反复冻融;
7. 送样时请使用干冰运输。
1. 细胞交 联固定 :甲醛处理细胞,将目标蛋白与染色质连结起来;
2. DNA超声打断:将基因组DNA打断至100-500bp;
3. 免疫共沉淀:添加与目标蛋白特异性结合的抗体,形成免疫沉淀复合物;
4. DNA片段回收:去交联,纯化DNA;
5. 文库构建: PCR扩增构建文库;
6. 上机测序:火狐体育app官网建议使用 Hiseq或NovaSeq测序平台,数据量6Gb。
碱基质量结果图
注:左图横坐标代表碱基位点,纵坐标代表碱基质量值,不同颜色曲线代表不同碱基在每条 read上的质量值;右图横坐标代表碱基位点,纵坐标代表碱基含量比值,不同颜色曲线代表不同位点各碱基含量。
DNA mapping结果图
注:左图为 reads 在基因组上的比对情况;右图为 reads在染色体上的分布情况, 灰色柱子表示每条染色体上碱基数占基因组的比例,绿色柱子表示比对到染色体上 reads的碱基数占基因组的比例。
peak数量及其在基因结构上的分布情况
Twohig JP et al., Nat Immunol, 2019
注:左图为不同分组 peak在基因组结构上的占比情况,右图为不同分组peak的总数量。
特定转录因子结合 motifs的富集情况
Twohig JP et al., Nat Immunol, 2019
注: MEME与STAMP/Jaspar软件共同对STAT1和STAT3预测出来的binding Motif。
GO分析结果
Zhang QT et al., Theranostics. 2019
注:左图为下调基因所显著富集的 GO条目(Top 10 ),右图为上调基因所显著富集的 GO条目(Top 10)。
ISL1 靶基因 处 peak分布情况
Zhang QT et al., Theranostics. 2019
注:该图展示了 ISL1 靶基因附近 H3K4me1 、 H3K27ac和ISL1 的 peak分布情况,箭头表示结合的peak。
基因间相互作用关系网络
Gao et al., Cancer. 2015
注: Profile1 、 2、4基因集间基因互作网络图。
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