产品简介
ChIP-Seq是将染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）与二代测序相结合的表观遗传研究技术，能够高效地在全基因组范围内对DNA和蛋白的相互作用进行检测，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。
ChIP-seq Assay Kit for Histone Methylation（Laboratorytalk，2016）
我们的优势
1. 定制化分析策略：根据不同测序方案和测序目标，定制化选择比对算法、 Peak Calling算法以及注释用数据库区域信息；
2. 强大的自研能力：拥有已发表的自主开发 Peak Calling算法（Wang et al., BMC Bioinformatics, 2010）和定位注释系统以及一系列下游分析工具；
3. 全面的数据库整合：不断更新基因组数据库并进行多数据库多版本整合，获得准确的 Peak定位信息与注释；
4. 强大的组学联合分析能力：将 ChIP-Seq与甲基化测序、转录组测序以及全基因组测序等技术进行结合，将单一的蛋白结合数据更进一步拓展。
样本要求
注：前期免疫共沉淀（ ChIP）实验需客户自主完成，火狐体育app官网提供测序和数据分析服务。
ChIP DNA样品要求：
1. DNA总量≥20ng，浓度≥1ng/μL（Qubit检测），体积要求20-100μL；
2. OD260/280介于1.8-2.0之间；
3. Agilent 2200质检合格，DNA样本主峰范围在100-500bp；
4. 电泳检测无明显 RNA污染，基因组条带清晰、完整，无降解；
5. 送样时请标记清楚样品编号，管口使用 Parafilm膜密封；
6. 样品保存期间切忌反复冻融；
7. 送样时请使用干冰运输。
实验流程
1. 细胞交 联固定 ：甲醛处理细胞，将目标蛋白与染色质连结起来；
2. DNA超声打断：将基因组DNA打断至100-500bp；
3. 免疫共沉淀：添加与目标蛋白特异性结合的抗体，形成免疫沉淀复合物；
4. DNA片段回收：去交联，纯化DNA；
5. 文库构建： PCR扩增构建文库；
6. 上机测序：火狐体育app官网建议使用 Hiseq或NovaSeq测序平台，数据量6Gb。
数据分析流程
结果示例
碱基质量结果图
注：左图横坐标代表碱基位点，纵坐标代表碱基质量值，不同颜色曲线代表不同碱基在每条 read上的质量值；右图横坐标代表碱基位点，纵坐标代表碱基含量比值，不同颜色曲线代表不同位点各碱基含量。
DNA mapping结果图
注：左图为 reads 在基因组上的比对情况；右图为 reads在染色体上的分布情况， 灰色柱子表示每条染色体上碱基数占基因组的比例，绿色柱子表示比对到染色体上 reads的碱基数占基因组的比例。
peak数量及其在基因结构上的分布情况
Twohig JP et al., Nat Immunol, 2019
注：左图为不同分组 peak在基因组结构上的占比情况，右图为不同分组peak的总数量。
特定转录因子结合 motifs的富集情况
Twohig JP et al., Nat Immunol, 2019
注： MEME与STAMP/Jaspar软件共同对STAT1和STAT3预测出来的binding Motif。
GO分析结果
Zhang QT et al., Theranostics. 2019
注：左图为下调基因所显著富集的 GO条目（Top 10 ），右图为上调基因所显著富集的 GO条目（Top 10）。
ISL1 靶基因 处 peak分布情况
Zhang QT et al., Theranostics. 2019
注：该图展示了 ISL1 靶基因附近 H3K4me1 、 H3K27ac和ISL1 的 peak分布情况，箭头表示结合的peak。
基因间相互作用关系网络
Gao et al., Cancer. 2015
注： Profile1 、 2、4基因集间基因互作网络图。
文献示例
[1] Twohig JP, Cardus Figueras A, Andrews R, et al. Activation of naïve CD4+ T cells re-tunes STAT1 signaling to deliver unique cytokine responses in memory CD4+ T cells. Nat Immunol. 2019 Apr;20(4):458-470. (IF=21.809)
[2] Mirtschink P, Bischof C, Pham MD, et al. Inhibition of the HIF1α-Induced Cardiospecific HERNA1 eRNA Protects from Heart Disease. Circulation. 2019 Mar 29. (IF=18.88)
[3] Han X, Huang H, Gao P, et al. E-protein regulatory network links TCR signaling to effector Treg cell differentiation. PNAS. 2019 Feb 15. pii: 201800494. (IF=9.504)
[4] Zhang QT, Zhang QQ, Jiang X, et al. Collaborative ISL1/GATA3 interaction in controlling neuroblastoma oncogenic pathways overlapping with but distinct from MYCN.Theranostics. 2019; 9(4): 986–1000. (IF=8.537)
[5] Ranjit M, Hirano M, Aoki K , et al. Aberrant Active cis-Regulatory Elements Associated with Downregulation of RET Finger Protein Overcome Chemoresistance in Glioblastoma. Cell Rep. 2019 Feb 26;26(9):2274-2281.e5. (IF=8.032)
[6] Gao Y, et al. Single Cas9 nickase induced generation of NRAMP1 knockin cattle with reduced offtarget effects. Genome Biol. 2017 Feb 1;18(1):13. (IF=9.202)