产品简介
空间转录组学（ Spatial Transcriptomics）是指在组织切片上完成，保留样本空间信息的组学研究。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域中激活的信号通路，完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组学完成了病理数字化结合病理影像化的技术革新，对于诊断标志物、耐药位点以及靶向药物的研发，免疫治疗等新兴领域都具有重要作用。
我们的优势
1、 拥有先进的 冷冻切片机 LEICA CM1950。搭配切片经验丰富的实验团队，对多种组织类型 的切片厚度与切片温度 进行测试优化 ， 为 获得 示组织内真实表达水平的 高质量冷冻 切片提供硬件和技术保障。
2、 拥有行业先进的 3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的数字切片扫描仪，可以同时实现明场与荧光场下冷冻切片的快速扫描成像；Z-Stack多层聚焦扫描及Extended Focus 景深扩展多层融合扫描模式，进一步提升分辨率和清晰度，保证切片高分辨的数字图像信息精准采集；
3、 具备丰富的空间转录组测序和数据分析经验，具有完善的空间转录组联合单细胞转录组数据分析方案，能够实现个性化、定制化地数据分析服务。
4、 火狐体育app官网提供空间转录组全流程服务，包括样本包埋、切片、选片、 HE染色、组织透化、建库测序、以及后续的FISH 验证等各个步骤，为您提供无忧服务。
样本要求
实验流程
1. 冷冻切片的制备：注意提前将冷冻组织与玻片放入 -20℃冷冻切片机箱体中平衡30分钟以上，再进行切片 ；
2. HE 染色、拍照成像： 组织切片贴合在玻片上，通过甲醛固定、 H&E染色并 在明场下 拍照得到组织切片的形态结构 ；
3. 组织优化：采用组织酶解的方式进行透化， 使细胞中的 mRNA释放并结合到芯片相邻的捕获探针上 ，反转录合成 cDNA 后，移除组织，进行荧光场扫描成像，根据荧光强度判断最优的透化时间。
4. 透化和 cDNA合成：采用组织酶解的方式，选取最佳的透化时间进行透化，芯片的捕获探针捕获到mRNA 后， 反转录 合成 cDNA ；
5. 文库构建：对 cDNA进行随机引物PCR扩增 ；
6. 上机测序：采用 Illumina Hiseq或NovaSeq测序平台 进行测序。
数据分析流程
结果示例
文献示例
1. Willis EF, MacDonald KPA, Nguyen QH, et al. Repopulating Microglia Promote Brain Repair in an IL-6-Dependent Manner. Cell. 2020;180(5):833‐846.e16.(IF=36.216)
2. Baccin C , Al-Sabah J , Velten L , et al. Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal the molecular, cellular and spatial bone marrow niche organization[J]. Nature Cell Biology, 2020, 22(1):1-11.（IF=17.428 ）
3. Moncada R, Barkley D, Wagner F, et al. Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas. Nat Biotechnol. 2020;38(3):333‐342. （ IF=31.864 ）
4. Asp M, Giacomello S, Larsson L, et al. A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart. Cell. 2019;179(7):1647‐1660.e19. (IF=36,216)
5. Maniatis S, Äijö T, Vickovic S, et al. Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis. Science. 2019;364(6435):89‐93. (IF=41.037)
6. Thrane K, Eriksson H, Maaskola J, Hansson J, Lundeberg J. Spatially Resolved Transcriptomics Enables Dissection of Genetic Heterogeneity in Stage III Cutaneous Malignant Melanoma. Cancer Res. 2018;78(20):5970‐5979. (IF=8.378)
7. Berglund E, Maaskola J, Schultz N, et al. Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity. Nat Commun. 2018;9(1):2419.(IF=11.878)
8. Giacomello S, Salmén F, Terebieniec BK, et al. Spatially resolved transcriptome profiling in model plant species. Nat Plants. 2017;3:17061. Published 2017 May 8. (IF=13.297)