空间转录组学( Spatial Transcriptomics)是指在组织切片上完成,保留样本空间信息的组学研究。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况,揭示精细病理区域中激活的信号通路,完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组学完成了病理数字化结合病理影像化的技术革新,对于诊断标志物、耐药位点以及靶向药物的研发,免疫治疗等新兴领域都具有重要作用。
1、 拥有先进的 冷冻切片机 LEICA CM1950。搭配切片经验丰富的实验团队,对多种组织类型 的切片厚度与切片温度 进行测试优化 , 为 获得 示组织内真实表达水平的 高质量冷冻 切片提供硬件和技术保障。
2、 拥有行业先进的 3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的数字切片扫描仪,可以同时实现明场与荧光场下冷冻切片的快速扫描成像;Z-Stack多层聚焦扫描及Extended Focus 景深扩展多层融合扫描模式,进一步提升分辨率和清晰度,保证切片高分辨的数字图像信息精准采集;
3、 具备丰富的空间转录组测序和数据分析经验,具有完善的空间转录组联合单细胞转录组数据分析方案,能够实现个性化、定制化地数据分析服务。
4、 火狐体育app官网提供空间转录组全流程服务,包括样本包埋、切片、选片、 HE染色、组织透化、建库测序、以及后续的FISH 验证等各个步骤,为您提供无忧服务。
1. 冷冻切片的制备:注意提前将冷冻组织与玻片放入 -20℃冷冻切片机箱体中平衡30分钟以上,再进行切片 ;
2. HE 染色、拍照成像: 组织切片贴合在玻片上,通过甲醛固定、 H&E染色并 在明场下 拍照得到组织切片的形态结构 ;
3. 组织优化:采用组织酶解的方式进行透化, 使细胞中的 mRNA释放并结合到芯片相邻的捕获探针上 ,反转录合成 cDNA 后,移除组织,进行荧光场扫描成像,根据荧光强度判断最优的透化时间。
4. 透化和 cDNA合成:采用组织酶解的方式,选取最佳的透化时间进行透化,芯片的捕获探针捕获到mRNA 后, 反转录 合成 cDNA ;
5. 文库构建:对 cDNA进行随机引物PCR扩增 ;
6. 上机测序:采用 Illumina Hiseq或NovaSeq测序平台 进行测序。
1. Willis EF, MacDonald KPA, Nguyen QH, et al. Repopulating Microglia Promote Brain Repair in an IL-6-Dependent Manner. Cell. 2020;180(5):833‐846.e16.(IF=36.216)
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