产品简介
全转录组是指特定细胞在特定状态下所能转录出来的所有 RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA（non-coding RNA）。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用的miRNA，lncRNA和circRNA。基于二代测序技术的全转录组测序研究，同时分析同一样本中的mRNA，lncRNA，circRNA，miRNA，并且通过两两关联分析、三元关联分析、多元关联分析，使研究内容更加系统化，致力于深入挖掘生命现象背后的转录调控问题。
ceRNA（竞争性内源RNA）机制示意图
Wang Y et al., Trends Genet, 2016
我们的优势
1. 双文库 构建： small RNA文库和去核糖体的链特异性文库， 火狐体育app官网 8年建库经验，保证建库质量；
2. 4种RNA全方位分析：不仅能定量分析已知的lncRNA和miRNA，还能通过Stringtie重建转录本预测新的lncRNA；并通过预测的circRNA 进行靶向分析 ，从而得到 miRNA-mRNA 、 lncRNA-miRNA、以及circRNA-miRNA的靶向关系；
3. 数据库全面整合：整合并定时升级生物学领域内公认数据库和靶基因预测算法，如 NP Inter、miRBase、RNAhybrid等，保证分析结果紧跟行业前沿；
4. 上游测序 +下游验证： 客户只需提供细胞，组织或者总 RNA，火狐体育app官网为您完成从上机测序到数据分析整套服务流程，同时可进行后续qPCR验证。
样本要求
组织样品：
1. 动物组织 ≥1g；
2. 植物组织 ≥2g；
3. 细胞样品 ≥1×10 6 个；
4. 全血 ≥5mL；
5. 菌体 ≥10 6 个或 ≥30mg。
RNA样品：
1. 样品需求量： RNA≥10 μg；
2. 样品浓度： RNA样品≥100 ng/μl；
3. 样品纯度： OD260/OD280在1.8-2.2之间，OD260/OD230≥2，28S/18S≥1，动物样品RIN≥7.0，植物样品RIN≥6.5，RNA无明显降解。
实验流程
1. 客户样本：细胞量在 10 6 以上；
2. 总 RNA提取及质控：凝胶电泳质控→Nanodrop质控→Agilent 2200质控；
3. small RNA文库构建：切胶范围10-50bp，单端测序SE50，文库分子18-30bp；
4. 去核糖体文库构建：逆转录后用 RNase处理，去除rRNA；
5. 上机测序： 火狐体育app官网建议选择 NovaSeq，双端测序，通量大，碱基精度高，而且成本低，速度快。
数据分析流程
结果示例
差异 lncRNAs火山图分析和聚类分析
Yang F et al., Gene, 2016
注：(A) 差异 lncRNA 火山图分析结果，红色表示显著差异的 lncRNA ，蓝色表示非显著差异的 lncRNA ； (B)差异lncRNA 聚类分析的 Heat map ，红色越深表示 lncRNA 上调越显著 ，蓝色越深表示 lncRNA下调越显著。
lncRNA-miRNA靶向作用关系
Miao X et al., Sci Rep, 2016
注：红色三角表示上调 lncRNAs ，绿色三角表示下调 lncRNAs ，紫色 V型三角 表示上调 miRNAs ，蓝色 V型三角表示下调miRNAs。
lncRNA-miRNA-mRNA Network
Miao X et al., Sci Rep, 2016
注：紫色三角形表示 lncRNA ，红色圆点表示 mRNA ，黄色圆点表示关键 mRNA ，蓝色 V型三角表示miRNA。
差异基因 GO分析和Pathway分析
Xu T et al., Oncogene. 2015
注：（ a）lncRNA TINCR-siRNA VS scrambled siRNA差异基因聚类分析图；（b）差异基因显著富集的pathway 条目；（ c）差异基因显著富集的GO条目。
circRNA预测工作流和 预测结果（正常组织 VS 癌组织）
Chen W et al., Nat Neurosci. 2015/Zheng Q et al., Nature Communications, 2016
注： (a)横坐标表示circRNA反向剪接reads 数，纵坐标表示 circRNA 数量； (b)circRNA在基因组结构上的分布；(c)横坐标表示exonic circRNA 长度，纵坐标表示 circRNA数量。
差异circRNA分析结果
Liu Q et al., Scientific Reports, 2016
注：左图为 差异 circRNA的聚类分析图(OA VS normal 软骨组织 )；右图为差异circRNA 的火山图，红点表示差异显著的 circRNA。
circRNA-miRNA相互作用
Zheng Q et al., Nature Communications, 2016
注：该图展示了 circHIPK3 相互作用的 miRNAs的假定结合位点。
circRNA-miRNA-mRNA Network
Liu Q et al., Scientific Reports, 2016
注：绿色圆点表示 circRNA ，黄色菱形表示 mRNA ，紫色 V型三角表示miRNA。
circRNA 和蛋白编码基因的 WGCNA分析
Wang Z et al. Frontiers in plant science, 2017
注： 该图为 WGCNA计算出来的不同module， 与不同表型相关性高的 module，并对moudle16以及两个circRNA的关系网络图分别进行了可视化展示。
E50 VS E40 和 E60 VS E50 差异 mRNA/lncRNA韦恩图
Li Y et al., BioMed Research International. 2019
注：左图为 E50 VS E40 差异 mRNA 和 E60 VS E50 差异 mRNA 的韦恩分析结果；右图为 E50 VS E40 差异 lncRNA 和 E60 VS E50 差异 lncRNA的韦恩分析结果。
干预 LncRNA GAS5的基因富集分析
Liu et al., Nat Commun, 2016
注：该图为 LncRNA GAS5 过表达和敲低后， hESCs 的基因富集分析结果。其中， ES表示富集度得分，NES表示ES标化后的值，得分越高表示该基因类别与该干预呈正相关。
文献示例
[1] Lei B, Zhou J, Xuan X, et al. Circular RNA expression profiles of peripheral blood mononuclear cells in hepatocellular carcinoma patients by sequence analysis. Cancer Med. 2019 Feb 4. (IF=3.202)
[2] Li Y, Li GQ, Wang F, et al. Integrated Analysis of LncRNA-mRNA Coexpression in the Extracellular Matrix of Developing Deciduous Teeth in Miniature Pigs. BioMed Research International. 2019 Jan 23. (IF=2.583)
[3] Yu Y, Zhang M, Liu J, et al. Long Non-coding RNA PVT1 Promotes Cell Proliferation and Migration by Silencing ANGPTL4 Expression in Cholangiocarcinoma. Mol Ther Nucleic Acids. 2018 Dec 7;13:503-513. (IF=5.66)
[4] Qu S, Hao X, Song W, et al. Circular RNA circRHOT1 is upregulated and promotes cell proliferation and invasion in pancreatic cancer. Epigenomics. 2018 Nov 16;11(1):53-63. (IF=4.979)
[5] Yu Y, Zhang M, Wang N, et al. Epigenetic silencing of tumor suppressor gene CDKN1A by oncogenic long non-coding RNA SNHG1 in cholangiocarcinoma. Cell Death Dis. 2018 Jul 3; 9(7):746-758. (IF=5.638)
[6] Yin D, Lu X, Su J, et al. Long noncoding RNA AFAP1-AS1 predicts a poor prognosis and regulates non-small cell lung cancer cell proliferation by epigenetically repressing p21 expression. Mol Cancer. 2018 May 24;17(1):92. (IF=7.776)
[7] Liang Ding,et al. A novel stromal lncRNA signature reprograms fibroblasts to promote the growth of oral squamous cell carcinoma via LncRNA-CAF/interleukin-33. Carcinogenesis. 2018 Mar 8;39(3):397-406. (IF=5.105)
[8] Sun D,et al.LncRNA GAS5 inhibits microglial M2 polarization and exacerbates demyelination. EMBO Rep. 2017 Oct;18(10):1801-1816. (IF=8.568)
[9] Lai, Z.Y. et al. Analysis of co-expression networks for circular RNAs and mRNAs reveals that circular RNAs hsa_circ_0047905, hsa_circ_0138960 and hascircRNA7690-15 are candidate oncogenes in gastric cancer. Cell Cycle. 2017 Oct 5:1-11. (IF=3.53)
[10] Zhang E, et al. H3K27 acetylation activated-long non-coding RNA CCAT1 affects cell proliferation and migration by regulating SPRY4 and HOXB13 expression in esophageal squamous cell carcinoma. Nucleic Acids Res. 2017 Apr 7;45(6):3086-3101.. (IF=10.162)
[11] Xu C, et al. Long non-coding rna gas5 control human embryonic stem cell self renewal by maintaining nodal signaling. Nat Commun. 2016 Nov 4;7:13287. (IF=12.124)
[12] Zheng Q, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nat Commun. 2016 Apr 6;7:11215. (IF=11.47)
[13] Liu Q, et al. Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 ‘Sponge’ in Human Cartilage Degradation. Sci Rep. 2016 Mar 2;6:22572. (IF=5.578)