产品简介
Small RNA主要包括miRNA、piRNA、tsRNA（tRF&tiRNA）、snRNA和snoRNA等，是一类不具有蛋白编码能力的RNA分子，能调控基因表达，在细胞生长、发育和代谢等基础生物学过程中都扮演着重要的角色，甚至在癌症等相关疾病形成过程中也起着关键的作用。高通量测序技术省去了烦琐的Small RNA克隆文库构建过程，可以一次性生成上百万条Small RNA序列，能够快速鉴定特定条件下表达的已知Small RNA并发现新的Small RNA，同时还可以研究不同条件下Small RNA的表达差异，并可以联合转录组测序表达谱数据进行关联分析。
A workflow for Small RNA Sequencing
Jai PM et al., RNA Mapping, 2014
我们的优势
1. 针对动物（包括外泌体） Small RNA（miRNA、piRNA、tsRNA）提供定制化实验分析方案;
2. 不仅能高效准确发现并注释非模式物种 新的 miRNA，还能进行piRNA、tiRNA、tRF等最新的研究；
3. 及时更新 miRBase、miRanda 、 RNAhybrid等专业miRNA数据库以及靶基因预测算法，保证分析结果紧跟行业前沿。
样本要求
组织样品：
1. 动物组织： >200mg；
2. 植物组织： >200mg；
3. 细胞培养： >2x10 6 个；
4. 全血： >3ml；
5. 菌体： >2x10 6 个或 >300mg。
RNA样品：
1. 请提供体积15 μL - 100 μL ，总量 ≥10μg，浓度≥ 200ng/μL的RNA；
2. OD260/280介于1.8~2.2之间，OD260/230≥2.0，RIN≥6.5，28S:18S≥1.0，确保RNA无降解；
3. 送样时请标记清楚样品编号，管口使用 Parafilm膜密封；
4. 样品保存期间切忌反复冻融；
5. 送样时请使用干冰运输。
不同样品之间存在差异，详情请向火狐体育app官网咨询
实验流程
1. 总 RNA提取及质控：RNA总量 > 1 μg ；RIN> 6.0
2. 小 RNA富集：切胶范围10-50bp
3. 小 RNA质控：Agilent 2200质控
4. 文库构建：文库分子 18-30bp
5. 上机测序：Small RNA测序NovaSeq、HiSeq、Ion Proton等测序仪都可以完成。 测序数据量 40M reads。
数据分析流程
>>动物小RNA
>>植物小RNA
结果示例
碱基质量结果图（过滤后）
注：横坐标表示碱基位点，纵坐标表示碱基质量值。
small RNA长度分布情况
注：左图为miRNA长度分布图；右图为piRNA长度分布图。
small RNA碱基偏好性分析
注：横坐标表示序列长度，纵坐标表示百分比，不同颜色表示不同的核苷酸。
miRNAs表达量统计分析
An X et al., Theriogenology, 2016
注：该表格列举了部分差异 miRNAs 的名称和序列信息， NE（normalized expression）表示标化后的miRNA表达量。
差异 miRNAs热图
An J et al., Investigative Ophthalmology & Visual Science, 2015
注：横轴表示组别，纵轴表示不同miRNAs。
miRNA 靶基因功能和 pathway网络图
An J et al., Investigative Ophthalmology & Visual Science, 2015
注：该图表示 miRNA-204 靶向的基因，及其靶基因所显著富集的 GO条目（右）和Pathway条目（左）。
novel miRNAs 的茎环结构
An X et al, Theriogenology. 2016
注：该图展示了进一步分析与已知 miRNA不匹配的测序reads预测的新的miRNA，这10个序列都具有显著的茎-环发夹二级结构。
miRNAs靶基因网络图
An J et al., Investigative Ophthalmology & Visual Science, 2015
注： 绿色表示下调的 miRNAs ，红色表示上调的 miRNAs。
DCs分化过程中miRNAs表达情况
Su XP et al., Nature Communications, 2013
注：该图展示了DCs 分化过程中 miRNAs 表达情况。 H、I、M和R分别代表分化的四个阶段：H—HSCs；I—imDCs；M—maDCs；R—DCreg ，左上角的数字代表将 391 个 miRNAs 分成了 26 个 clusters，左下角的数字代表每个cluster中miRNAs 的数量，有颜色的 clusters代表miRNAs显著富集。
文献示例
[1] Zheng L, Zhang X, Zhang H, et al. The miR164-dependent regulatory pathway in developing maize seed. Mol Genet Genomics. 2019 Jan 3. (IF=2.734)
[2] Xu C, Zhang H, Zhou W, et al. MicroRNA-10a, -210, and -563 as circulating biomarkers for ossification of the posterior longitudinal ligament. Spine J. 2018 Oct 20. pii: S1529-9430(18)31165-3. (IF=3.119)
[3] Wang Y, Zhang CY, Xia RH, et al. The MYB/miR-130a/NDRG2 axis modulates tumor proliferation and metastatic potential in salivary adenoid cystic carcinoma. Cell Death Dis. 2018 Sep 11;9(9):917. (IF=5.638)
[4] Chen X, Hao Z, Wei G, et al. The microRNA-10a/ID3/RUNX2 axis modulates the development of Ossification of Posterior Longitudinal Ligament. Sci Rep. 2018 Jun 15;8(1):9225. (IF=4.122)
[5] He Q, et al. Downregulation of miR-7116-5p in microglia by MPP1 sensitizes TNF-a production to induce dopaminergic neuron damage. Glia. 2017 Aug;65(8):1251-1263. (IF=6.2)
[6] Xu C, et al. Integrated microRNA-mRNA analyses reveal OPLL specific microRNA regulatory network using high-throughput sequencing. Sci Rep. 2016 Feb 12;6:21580. (IF=5.578)
[7] Liu R, et al. DNMT1-microRNA126 epigenetic circuit contributes to esophageal squamous cell carcinoma growth via ADAM9-EGFR-AKT signaling. Clin Cancer Res. 2015 Feb 15;21(4):854-63. (IF=8.193)
[8] Cheng T, et al. MeCP2 Suppresses Nuclear MicroRNA Processing and Dendritic Growth by Regulating the DGCR8/Drosha Complex. Dev Cell. 2014 Mar 10;28(5):547-60. (IF=14.08)
[9] Su X, et al. miRNomes of haematopoietic stem cells and dendritic cells identify miR-30b as a regulator of Notch1. Nat Commun. 2013;4:2903. (IF=10.02)
[10] Xu C, et al. miRNA -100 Inhibits Human Bladder Urothelial Carcinogenesis by Directly Targeting mTOR. Molecular Cancer Therapeutics. 2013, Feb 12:207-219. (IF=5.599)